genotipizzazione microsatelliti

LGS dispone di un sequenziatore capillare ABI-PRISM 3130XL che utilizza per condurre analisi microsatelliti nelle quali ha esperienza ventennale.

I microsatelliti (o short tandem repeats - STR, o simple sequence repeats - SSR) sono porzioni di DNA non codificante costituite dalla ripetizione in tandem di corte sequenze di 1-5 nucleotidi e vengono utilizzati come marcatori molecolari. Presentano un alto livello di polimorfismo (variabilità) e sono marcatori informativi negli studi di genetica di popolazione. Grazie all’analisi dei microsatelliti, è possibile creare un profilo genetico che permette di identificare univocamente un individuo. Sono comunemente usati per l’identificazione genetica e la diagnosi di parentela in molte specie animali oltre che in quella umana.

Applicazioni:

• identificazione genetica
• tracciabilità
• diagnosi di parentela

Genotipizzazione SNP su bassa scala

LGS dispone di due realtime ABI-PRISM 7300 e 7000 tramite le quali conduce analisi di genotipizzazione SNP con chimica TaqMan® (ABI) e più recentemente con chimica KASP™ (LGCgroup).

Con la chimica TaqMan® è possibile analizzare singoli SNP in modo rapido. Ogni saggio TaqMan® è costituito da due sonde allele-specifiche TaqMan® MGB contenenti distinti fluorocromi (ad es., FAM e VIC) e una coppia di primer PCR per amplificare la regione che contiene lo SNP bersaglio dell’analisi.

Il sistema KASP™ (Kompetitive Allele Specific PCR genotyping system) è una tecnologia di genotipizzazione end-point PCR molto flessibile per l’analisi sia di SNP sia di inserzioni/ delezioni.

Applicazioni:

• Determinazione della sensibilità alla scrapie scrapie ovina
• Diagnosi di malattie genetiche in varie specie
• Determinazione delle varianti geniche che influenzano caratteri qualitative e produttivi (ad es., caseine)
• Messa a punto di saggi specifici con tecnologia TaqMan® o KASP™ in base alle esigenze del cliente per la richiesta di analisi di nuove varianti alleliche

Genotipizzazione SNP con tecnologia Illumina®

LGS dispone di un HiScan Illumina®, una piattaforma tecnologica per l'analisi di SNP chip ad alta densità, disponibile per diverse chimiche.

Le chimiche Illumina Infinium e HTS offrono una piattaforma flessibile per analizzare un elevato numero di SNP. Sono disponibili per set standard di SNP che vanno da 5.000 fino ad oltre un milione di marcatori per singolo campione. Diverse specie sono già disponibili nel format più classico SNP 50-60K e ulteriori dettagli possono essere trovati presso il sito web Illumina.

SNP chip ad alta densità sviluppati da Illumina® e/o da GeneSeek® sono disponibili per un range di specie importanti nel settore agro-zootecnico, quali ad esempio bovini da latte e da carne, suini, ovini, caprini, equine, ecc...

Inoltre Illumina® collabora con i più importanti consorzi di agro-genomica per sviluppare prodotti di genotipizzazione sempre più all’avanguardia per studi approfonditi quali il fine mapping dei geni candidati, l’indagine di Copy Number Variation (CNV) o studi di associazione whole-genome.

Applicazioni:

• Selezione genomica
• Diagnosi di parentela
• Caratteri produttivi e qualitativi
• Diagnosi di malattie
• GWAS (Genome Wide Association Studies)

Genotipizzazione SNP con tecnologia Axiom®

LGS dispone di un GeneTitan® Applied Biosystem®, una piattaforma per SNP chip ad alta densità, che permette di automatizzare con efficienza i processi analitici per lo studio dell'espressione genica e della genotipizzazione del genoma.

Il GeneTitan® utilizza la chimica Axiom® che consente la genotipizzazione di polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs) e inserzioni/delezioni (indel), il rilevamento di organismi microbici in un campione e varianti genomiche strutturali mirate, come piccole delezioni intrageniche e duplicazioni.

La technologia Axiom® dispone di un ampio e diversificato portafoglio di soluzioni per le specie animale, vegetale e umana. E' possibile scegliere un chip disponibile sul mercato o, grazie alla flessibilità del sistema, optare su una soluzione personalizzata.

LGS è ad oggi l'unico laboratorio in Italia a vantare un GeneTitan®

Applicazioni:

• Selezione genomica
• Diagnosi di parentela
• Caratteri produttivi e qualitativi
• Diagnosi di malattie
• GWAS (Genome Wide Association Studies)